Budowa kościoła rozpoczęła się na fundamentach dawnego kościoła św. Krzyża w 1901 roku, a zakończyła się dwa lata później.
Odbiór budynku w stanie surowym nastąpił 22 października 1903 r
Kościół został wybudowany w stylu neogotyckim.
Autorem projektu (1899-1901 r.) był berliński architekt Heinrich Seeling.
Do 1945 r. kościół służył parafii ewangelicko-unijnej. W 1945 roku kościół został zajęty przez władze komunistyczne, a następnie przekazany katolikom. W okresie 1945-1946 był kościołem szkolnym szkół rzemieślniczych uzyskując wezwanie św. Józefa Rzemieślnika. Jesienią 1946 r. przejęli kościół jezuici, którzy powrócili do miasta po 166 latach i których dawna świątynia została zniszczona w czasie II wojny światowej.
Przeprowadzono wówczas remont zdewastowanego kościoła i nadano mu patrona św. Andrzeja Bobolę.
W latach 80-tych kościół zasłynął ze swojej działalności patriotyczno - opozycyjnej. W szczególności Msze św. za Ojczyznę w 13-tym dniu miesiąca zrzeszały opozycję Solidarnościową Tzw. „trzynastki” są wciąż odprawiane.
W 1989 roku kościół przyjęto jako patronacki kościół Regionu Bydgoskiego NSZZ Solidarność.
W 1996 r. w przedsionku kościoła wmurowano tablicę pamiątkową Solidarności.
Od 2001 roku odbywają się Bydgoskie Wieczory Organowe, które nawiązują do tradycji koncertów symfonicznych oraz recitali słynnych organistów organizowanych przed wojną.
info internet
2014 r
